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Q32 海外勤務中に日本国内にある不動産を売却した場合の税金ついて

日本国外にある支店で勤務しているときのですが、日本国内にある不動産を売却することになりました。この時の税金について教えてください
不動産売却

海外の支店や子会社に1年以上の予定で勤務する人など、日本に住所がない人を税法上「非居住者」と呼びます。
この「非居住者」は、所得の源泉が日本国内にあるもの、例えば日本国内の土地を売却したケースなどについてのみ「国内源泉所得」として日本の税金がかかります。
しかし、非居住者が日本国内の不動産を売却した場合には申告漏れが起きる可能性があります。そこで、売却時点で買主が代売却代金を売主(非居住者)に支払うときに一定の税金相当額を控除して買主に支払います。これを「源泉徴収制度」と言います。
そして、買主は源泉徴収により売主から預かった税金を国に納税します。
しかし、この源泉徴収税額は仮の税金です。売主(非居住者)は正確な税金を計算して、売却した年の翌年の3月15日までに「確定申告書」を税務署に提出し、不足分の税金を納税することになります。また、所得税の特例の適用により税金が戻ってくるケース(還付)もあります。

具体例
1. 買主

(1) 源泉徴収義務

国内において、非居住者から日本国内にある土地等を購入してその代金を国内で支払う場合には、非居住者等に支払金額の10.21%相当額を源泉徴収する義務があります。 つまり、非居住者に支払われる金額は支払額の89.79%相当額となります。
売主は支払金額の10.21%相当額を翌月10日までに税務署に納付します。
ただし、不動産の売買金額が1億円以下で、かつ、自分または親族が住むための土地等を購入した場合には、その個人(買主)は源泉徴収をする必要はありません。

【国税庁:タックスアンサー】
No.2879 非居住者等から土地等を購入したとき

(2) 源泉徴収義務の判定

1 売却代金とは
手付金・中間金・固定資産税精算金・残代金をさします。
2 親族とは
配偶者・6親等内の血族及び3親等内の姻族をいいます。
3 1億円を超えるかどうかの判定
固定資産税精算金を含んだ金額により、その者の持ち分をもとに判定します。
例えば1億5,000万円の土地を売却した場合
所有者が1人:1億5,000万円>1億円 ∴源泉徴収が必要
所有者が2人(持分は2分に1ずつ):7,500万円<1億円 ∴源泉徴収は不要

(3)源泉徴収の手続き

1 源泉徴収の手続き
売却代金を支払う都度、支払金額の10.21%相当額を源泉徴収金額として預かり、残りの売却代金の89.79%相当額を売主(非居住者)に支払います。
2 源泉徴収税額の納付
「非居住者・外国法人の所得についての所得税徴収高計算書」(源泉所得税の納付書)に必要事項を記載し、代金の支払日の翌月10日までに銀行の窓口等により納税します。
3 納付書・支払調書の交付
売主の確定申告時に必要となりますので、「源泉所得税の納付書のコピー」または「支払調書のコピー」を売主に渡します。

2. 売主(非居住者)

(1) 受取金額:源泉徴収の手続き

売主から売却代金の87.79%相当額が入金になります。
確定申告の際に源泉徴収された金額の証明書類の提出が必要となるため、買主から受け取った「源泉所得税の納付書のコピー」または「支払調書のコピー」を保管します。
もし、交付されない場合は、必ず買主に請求します。

(2) 確定申告について

不動産を売却した年の翌年の2月16日~3月15日の間に、確定申告書を「納税管理人」が税務署に提出します。土地の譲渡代金は「所得税の申告分離課税」となります。
納税額がある場合には3月15日までに納付書により「納税管理人」が納税します。
居有用の3,000万円の特別控除等の特例も居住者と同様に適用できますので、事前に要件の確認をしておきます。その場合には源泉徴収された所得税額は戻ってきます。(還付)

(3) 納税管理人の選定

非居住者は海外にいるため、日本国内での申告納税等を行うことができません。そこで、非居住者(売主)に代わり日本国内における申告納税等の手続きを代行する人を納税管理人として選定します。
本来は日本国内に住所を有しなくなる時、つまり出国前に選定しますが、所得税の確定申告書に「所得税の納税管理人の選任届出書」を添付することもできます。
また、納税管理人は日本国内に住所があることが要件となるため、個人・法人を問いません。日本国内にいる配偶者や親族が選定されることが多いでが、税理士に依頼するケースのあります。

【国税庁:タックスアンサー】
No.1923 海外勤務と納税管理人の選任又は解任
A1-7 所得税・消費税の納税管理人の選任届出又は解任届出手続

(4) 住所の判定

住所:生活の拠点をいい、客観的事実により判断します。
そのため、「単に住民票の登録」があっても、住所にはならないケースがあります。
居所:その人の生活の本拠という程度には至らないが、その人が現実に居住している場所

3.最後に

非居住者が日本国内にある不動産を売却した場合、通常の譲渡とは異なる部分の多くあります。また、譲渡所得の特例についても要件を満たせば適用することができます。
事前に税理士等の専門家に相談しましょう。
弊社においても、ご対応可能となりますので、お気軽に尋ねください。

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